Here's the final boss and "death" scene from Intermission. I've used the English localization's script for the spoken lines. Underlined text is the bold red text that the Ultimania wishes to draw readers' attention to.
_______
神羅ビル地下：計測エリア
ユフィとソノンが警戒しながら計測エリアへと入ってくる。その様子を、ブジックミラー越しの隣室の計測室から計測モニターなどで、観察している神羅の研究員たち。
研究員A「対象の侵入を確認。これより、ツヴィエートの戦闘テストを開始する」
指示に、測定担当者（研究員B）がうなずき、装置を操作する。計測モニターに映し出されるネロの姿。モニター画面内に様々な数値が表示される。モニター映像に重ねるなどで、再びユフィたちの視点に移行。ネロが闇の力で、DGソルジャーの首を持ち上げている。周りにはDGソルジャーの死体が転がっている。
ユフィ「どうなってるの？仲間割れ？」
ネロが反応する。DGソルジャーを持ち上げている闇の力が強まる。
ネロ「仲間？」
DGソルジャー「（うめき声）」
ネロ「ディープグラウンドにそんなものはないよ」
ユフィ「ディープ、何？」
ネロ「ボクと兄さんの遊び場」
ユフィ「そこ、どいてくれない？」
ネロの目前のDGソルジャーが闇に包まれて消える。同じように周囲に転がっていたDGソルジャーたちも闇に沈んで消える。構えるユフィとソノン。
ソノン「ダメらしいね」
ユフィ「一応聞いてみただけ！」
二人も戦闘態勢に入る。
ネロ「さあ、楽しみましょうか」
＜中略＞
ネロ、愉悦の声をあげる。
ネロ「フフフ！いい！いい！もっと感じさせてください！痛みを！死を！」
ソノン「先輩！ここで決めよう！」
ユフィ「まっかせなさーーーい！」
ユフィとソノンが運身の連携攻撃を繰りだす。ネロ、闇に包まれ消滅する。
ユフィ「勝った？」
ソノン「ああ」
ユフィ「やったあ！」（ため息まじり）
さすがに疲れた表情を見せるユフィ。ソノン、ほっとしつつも、脱出口を探して周囲を見回す。計測室（バトルフェーズ2で入った）にある、エレベーターに気づく。ソノンはすこしおどけて、声をかける。
ソノン「おつかれのところ、なんですけど急いで脱出しないと」
ユフィ「ちょっと休憩しない？」
ソノン「おぶろうか？」（ニッコリ）
ユフィ「げえ、けっこうです」
二人はエレベーターへ向かう。二人が去ったあと、微かに闇が渦巻く。エレベーター（とその行き先などがわかるパネル）が見える。
ユフィ「あった」
すると、ソノンが背後から迫る気配に気がつく。その気配の危険さを察した刹那、表情が真剣に変わる。ソノンがユフィの背中を押す。
ユフィ「ちょっと、何（すんの）」
文句を言って振り返ると、ソノンの腕がユフィを守るようにガシッとエレベーターの扉につかれる。それはプレートに上がる列車の中で、人混みから守ってくれたときのような体勢である。ソノンが何かからユフィを守るように立っている。ソノンの足元に闇が迫り、その胸を突き破るようにいくつもの刃物（ネロの羽根）が飛び出す。刃物の切っ先が、ユフィ（の顔）に迫る。
ユフィ「ソノン？」
実は《淀みの力》が暴走したネロが突撃しており、それをソノンが盾となり、ユフィを庇っていた。今も暴走したネロを必死に抑えている。
ソノン「…行って」
ソノン、最期の力で近くにあるエレベーターのボタンを押す。
ユフィ「そんな」
ソノン「頼む…」
ユフィ「でも」
ソノンを貫く刃。
ユフィ「ソノン…」
ソノン「先輩…生きのびて、戦え…」
ユフィ「やだよ…そんなの…」
ユフィの背後のエレベーターの扉が開く。ユフィ、力なく後ずさり、エレベーターに入る。
ユフィ「ソノン！」
扉の支えがなくなり、ソノンの腕がだらんと垂れ下がる。扉が閉まり始める。ソノン、上を見上げ、静かに目を閉じる。ネロの闇の力は襲い続け、ソノンは力をいれて守っている。扉が閉まる。
ユフィ「（言葉にならない叫び）あーーーーーっ！」
取り残されたソノン。ユフィを見送り微笑む。ガクリと膝をつく。ポケットを探るなどしてユフィからもらったダチャオ豆を口に放り込む。しかしもう力が入らず噛めない。
ソノン「固っ…」
遠のく意識。妹の時とは違い、助けることが出来たとホッとする。ソノンの顔に笑顔が広がる。
ソノン「メルフィ··」
妹の幻影が見えたらしい。ゆっくりとネロの暗闇に取り込まれ、消える。
Shinra Building Basement: Testing Grounds
Yuffie and Sonon cautiously step into the Testing Grounds. There are Shinra researchers in the room next door, monitoring the situation on their testing consoles from the other side of a one-way mirror.
Researcher A: “Subjects on site. It’s time. Initiate the Tsviet field test.”
Upon instruction, the person in charge of the test (Researcher B) nods and begins operating the equipment. We see Nero’s image projected on one of the testing consoles. Various numerical values are displayed on the console’s screen. The image on the screen is superimposed [with the real image of Nero], and we return to Yuffie’s point of view. With the power of darkness, Nero is lifting up a Deepground soldier by their neck. Nearby, the corpses of other Deepground soldiers writhe on the floor.
Yuffie: What are you doing? Aren’t you all on the same team?
Nero responds, the force of the darkness suspending the Deepground soldier intensifying.
Nero: Team?
Deepground Soldier: (Moans)
Nero: Fool. There are no “teams” in Deepground.
Yuffie: Deep… ground?
Nero: The place where my brother and I like to play.
Yuffie: Cool. Now, mind moving aside?
The Deepground soldier in front of Nero is enveloped by darkness. Likewise, the Deepground soldiers who were writhing around sink into the darkness and disappear.
Sonon: Let’s take a different tack.
Yuffie: Well, can’t blame a girl for trying.
The two assume battle stances.
Nero: Now… let the games begin.
<Omitted>
Nero pitches his voice in delight.
Nero: Yes, yes! I must know more of this feeling! Of pain! Of death!
Sonon: Now, Boss! Let’s finish this!
Yuffie: Don’t gotta tell me twice!
Yuffie and Sonon unleash a critical coordinated attack. Nero is engulfed by his own darkness and disappears.
Yuffie: Did we?
Sonon: We did.
Yuffie: (Sighing) Awesome…
Yuffie makes an exhausted face in typical fashion. Relieved, Sonon casts around for an escape route. He notices an elevator inside the testing room (which was broken open in the battle’s second phase). Sonon calls out to Yuffie rather teasingly.
Sonon: Don’t wanna spoil the moment, but… we should prob’ly get going.
Yuffie: But I’m so tired…
Sonon: (With a patronizing smile) I could carry you.
Yuffie: You win.
The two head toward the elevator. When the two have gone, we see the darkness swirl weakly. The elevator (and a panel that informs us where it’s going) draws into view.
Yuffie: Aha!
Suddenly, Sonon notices a presence approaching from behind. There’s a split second where he processes the threat of this presence, and his expression turns serious. Sonon shoves Yuffie in the back.
Yuffie: Hey, whaddaya think you’re— (doing?)
As Yuffie turns back in protest, Sonon slams his arms against the elevator doors to protect her. It’s the same way he positioned himself to shield her from the crowd when they took the train up to the plate—the stance Sonon takes when he’s protecting Yuffie from something. The darkness draws close to Sonon’s feet, and several sharp objects (Nero’s feathers) shoot out and pierce Sonon’s chest. The tip of one nearly touches Yuffie(‘s face).
Yuffie: Sonon?
It is revealed that Nero has run rampant with “Stagnant Force” and was trying to assault the two, but Sonon covered Yuffie and acted as a shield. Even now, he’s desperately struggling to hold back an unleashed Nero.
Sonon: Go…
With fading strength, Sonon pushes a button on the nearby elevator.
Yuffie: No, I—
Sonon: Please.
Yuffie: But…
Another blade pierces Sonon.
Yuffie: Sonon…?
Sonon: Yuffie… You gotta keep going… for us.
Yuffie: No… Stop it…
The elevator doors behind Yuffie open. Powerless, she backs away onto the elevator.
Yuffie: Sonon!?
Sonon stops holding the doors and lets his arms fall limply at his side. The doors begin to close. Sonon looks up and calmly closes his eyes. Nero’s dark power continues its barrage, Sonon straining to deflect it. The doors shut.
Yuffie: (With an indescribable yell) Ahhhhhhhh!
Now only Sonon remains. He smiles, pleased to see Yuffie got away, and collapses on his knees. He searches his pockets for one of the Dachao beans Yuffie gave him and pops it into his mouth; but he doesn’t have the strength to bite down on it.
Sonon: Damn…
We’re in the recesses of Sonon’s consciousness now. Unlike that time with his younger sister, he’s glad he was able to help Yuffie. A smile spreads across Sonon’s face.
Sonon: Melphie…
He must have been envisioning his younger sister. Slowly, Sonon is enveloped by Nero’s darkness, and fades away.
______
It's interesting to see how this scene differs from the final product—particularly the last section, which only implies a vision of Melphie. In the end we of course got a lovely flashback sequence plus a Lifestream-like glimpse of the real Melphie. There's a note earlier in the Ultimania that Melphie's 3D model was created and added in very late in production, so I'm guessing this script was written before that point. I'm glad they made the effort to add her in. It really adds to the impact of this moment.
